2009 sezonundaki üçüncü zaferine Japonya'da imza atan Vettel kariyerinin de dördüncü galibiyetini kazandı. Yarıştaki ikinci sırayı ikinci pit stoplar ardından McLaren-Mercedes pilotu Lewis Hamilton'u geçen Jarno Trulli aldı ve bu ikincilik ile Japonların gönlünü almış oldu. Toyota'dan Jarno Trulli startta pozisyonunu kaybedip Hamilton'a geçildi. Hamilton KERS'te yaşadığı problemin ardından yarıştaki hızını belli bölümlerde kaybetti. Bu sorunların yaşanmasına rağmen Lewis Hamilton yarışı üçüncü olarak bitirmeyi başardı. Ferrari ile birlikte son demlerini yaşayan Raikkonen gösterdiği güzel performansın ardından yarışı dördüncü bitirdi ve 5 puan almaya hak kazandı. Vettel, Brawn-Mercedes adına yarışan Jenson Button'ın sekizinci olmasının ardından şampiyonluk şansını Brezilya'ya taşımayı başarmış oldu. Ayrıca Barrichello, Button'ın önünde yarışı bitirmesinin ardından takım arkadaşına 1 puan daha yaklaşmış oldu. Yarışın sonlarına doğru Alguersuari'nin yaptığı kazadan dolayı piste giren güvenlik aracı 4 tur boyunca yarışta pist içerisinde yer aldı. Bu 4 turun ardından pitteki yerine geri dönen güvenlik aracının ardından yarış normal seyirine geri döndü fakat bu bölümde herhangi bir geçiş yaşanmadı. Suzuka'nın en hızlı pilotu ise 50'nci turda yaptığı zaman ile Red Bull-Renault pilotu Mark Webber oldu. Vettel, Brawn GP'den Button'ın sekizinci olması ile birlikte şampiyonluk şansını Brezilya GP'sine taşıdı. Yarışta Williams takımından Nico Rosberg beşinci, BMW. Sauber'den Nick Heidfeld ise altıncı sıraları aldılar. Bir sonraki yarış 18 Ekim'de Brezilya'nın Interlagos pistinde koşulacak.